Historia
Obecny klasztor, znajdujący się przy ul. Rakowickiej 18, jest już trzecim z kolei klasztorem karmelitów bosych w Krakowie. Pierwszy - drewniany był zalożony w 1605 r. Klasztor ten okazał się jednak zbyt wilgotny i nieodpowiedni na mieszkanie. Z tych względów postanowiono przenieść fundację na przylegle wzgórze ogrodu Wolskiego. Budowa nowego klasztoru - murowanego trwała w latach 1634-1683 (obecnie mieści się w nim szpital św. Łazarza przy ul. Kopernika). Drugi klasztor pw. śś. Michała i Józefa założony został w 1611 r. w obrębie murów miejskich (obecnie Muzeum Archeologiczne przy zbiegu ul. Poselskiej i Senackiej). W 1797 r. władze austriackie zajęły klasztor na więzienie dla politycznych przestępców.
Na nieustanne prośby sióstr karmelitanek bosych w Krakowie Łobzowie w roku 1905 Definitorium Prowincjalne przyjęło propozycję fundacji nowego klasztoru. Jesienią 1907 r. rozpoczęto budowę nowego klasztoru Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny przy ul. Rakowickiej. Budowa prezbiterialnej części kościoła wraz z boczną kaplicą trwała do kwietnia 1910 r. 6 grudnia 1909 r. objęło fundację i rozpoczęło życie zakonne trzech karmelitów bosych. Konsekracji kościoła dokonał bp krakowski Anatol Nowak 5 grudnia 1910 r. Od czasu kanonicznej erekcji w dniu 26 stycznia 1911 r. klasztor przeznaczono na Kolegium Teologiczne, które istnieje do chwili obecnej. W 1927 r. w klasztorze założono czasopismo „Głos Karmelu", pod którego tytułem rozpoczęto działalność wydawniczą.
W kościele znajduje się cudowny obraz św. Józefa - Patrona Królewskiego Miasta Krakowa. Niezwykle interesująca historia owego obrazu - namalowanego w Rzymie przez brata Łukasza, karmelitę niderlandzkiego w klasztorze Santa Maria della Scala techniką olejną na plótnie o wymiarach: 281,5 x 170 cm. Sprowadzony do klasztoru śś. Michała i Józefa zasłynął łaskami i zaczął gromadzić wokół siebie licznych czcicieli Oblubieńca Maryi, którzy szukali ratunku u Józefa zwłaszcza w niebezpieczeństwie wojny czy zarazy. W 1714 r. na posiedzeniu radnych miasta jednogłośnie wybrano św. Józefa na Patrona Miasta Krakowa. Wybór ten zatwierdził w 1715 r. papież Klemens XI.
Gdy władze austriackie przejęły klasztor, obraz został umieszczony u sióstr karmelitanek bosych przy ul. Kopernika, gdzie przebywał aż do 1932 r. Wtedy to obraz powrócił do karmelitów bosych już na nową fundację przy Rakowickiej. Obraz umieszczono wewnątrz klasztoru. Dopiero w 1980 r. po zbadaniu i zidentyfikowaniu obrazu przeniesiono go do kościoła, gdzie w lewej nawie przygotowano dla niego ołtarz. Odtąd kult św. Józefa odżył na nowo i jest obok kultu Niepokalanej najbardziej znamienny dla krakowskiego Karmelu.
Kościół Niepokalanego Poczęcia NMP nawiązuje częściowo do stylu romańskiego, a częściowo do gotyckiego, fasadą zwrócony jest w kierunku południowo-zachodnim, zbudowany z cegły na fundamencie z kamienia. Korpus trzynawowy, z wydłużoną nawą centralną do prezbiterium zamkniętego pięcioboczną absydą. Do kościoła przylega dwupiętrowy klasztor w kształcie litery „L" oraz czworoboczna wieża o wysokości 50 m. Klasztor otoczony jest ogrodem.