Budowa prezbiterialnej części kościoła pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia NMP – wraz z boczą kaplicą i wieżą – trwałą do kwietnia 1910 roku. W dniu 5 grudnia tego roku biskup krakowski Anatol Nowak poświęcił kościół. Przedtem jeszcze, w listopadzie 1910 roku zakupiono i zainstalowano 5 dzwonów z odlewni Hillera, zaś w grudniu – organy do kościoła za 4200 koron. Do kaplicy Matki Bożej Ostrobramskiej zakupiono drewniany ołtarz, wykonany w zakładzie Stuflessera w Tyrolu w 1911 roku. Obraz do ołtarza w kaplicy ofiarował klasztor w Czernej. W tym też roku zamówiono u malarza w Bochni obraz Madonny Niepokalanej do głównego ołtarza za 1000 koron, oraz zakupiono w Wiedniu zegar na wieżę za 2605 koron. W 1913 roku wybudowano skrzydło zachodnie klasztoru. Plany wykonał inż. Augustyn Tarkowskie z Tarnowa. Budowę przeprowadził Stefan Muller, budowniczy z Czatkowic. W 1926 roku na miejsce dzwonów zabranych w czasie I wojny światowej, zakupiono cztery nowe w odlewni Hillera.

Dalszą dobudowę kościoła przeprowadził w latach 1929-1932 Stanisław Słowik, według planów architekta Franciszka Mączyńskiego. Ze szkodą dla architektury odstąpiono od pierwotnego planu Stryjeńskiego. Alabastrowe ołtarze wykonała Fabryka XX Czartoryskich „Żurawno” w 1931 roku, według planów arch. J. Szostakiewicza. We wrześniu tego roku zakupiono nowe organy Riegera. Konstrukcje żelbetowe ołtarzy wykonała firma Polańskiego. Prace ślusarskie wykonał zakład Oremusa, instalacje elektryczne Jurski, prace stolarskie zakład Muraniego, witraże zakład Kusiaka. Obrazy do ołtarza św. Józefa i św. Teresy od Dzieciątka Jezus malował Jan Bąkowski. Mozaikę nad portalem wejściowym wykonał w 1934 roku J. Pieczonka SJ, według projektu Jana Bąkowskiego. Od czasu kanonicznego erygowania w dniu 26 stycznia 1911 roku, klasztor przeznaczony został dla kleryków na Kolegium Teologiczne, które istnieje do chwili obecnej.