Uznanie za sanktuarium naszej świątyni przy Rakowickiej było ukoronowaniem pracy i starań wielu pokoleń karmelitów bosych. Od chwili wystawienia w bocznym ołtarzu obrazu św. Józefa, uznanego za zaginiony ponad 100 lat temu, przybywało krakowian, którzy przychodzili i powierzali swoje problemy wstawiennictwu tego Oblubieńca Najświętszej Maryi Panny. Papież Franciszek ogłosił rok świętego Józefa w uroczystość patronalną naszego kościoła Niepokalanego Poczęcia NMP. Nasza wspólnota odczytała to jako znak i postanowiła wykorzystać ten czas łaski. Po rozeznaniu i zasięgnięciu opinii wiernych postanowiliśmy udać się na rozmowę z naszym arcypasterzem Markiem Jędraszewskim. Metropolita przyjął delegację naszego klasztoru bardzo serdecznie, a domyślając się celu naszej wizyty, opowiedział, jak bardzo sam czci świętego Józefa, którego lilię ma w swoim herbie biskupim. Krakowski wizerunek znał jeszcze z czasów swojej posługi w Poznaniu: tam również karmelici bosi zawieźli kopię cudownego obrazu, przed którym w 1715 roku mieszkańcy Krakowa uroczyście prosili o patronat. Wszystko za sprawą ojca Mariusza Jaszczyszyna, który odnowił kult w Krakowie, a potem zaszczepił go w Poznaniu.
Pierwsze spotkanie z arcybiskupem dało nam wiele nadziei. Pasterz naszej diecezji postanowił zasięgnąć zdania biskupów, kapłanów i wiernych całej diecezji, dlatego na spotkaniu wszystkich dziekanów poprosił o przypomnienie historii obrazu oraz tego, w jaki opatrznościowy sposób znalazł się w tak młodym klasztorze przy ulicy Rakowickiej.
Dla wielu ta historia była już znana, kapłani słusznie oczekiwali jednak od naszej wspólnoty gotowości do posługi wobec wszystkich przybywających do przyszłego sanktuarium. Nasz klasztor znajduje się w samym centrum komunikacyjnym miasta, jakby na szóstym peronie, dlatego zostaliśmy obdarzeni szczególną misją wobec podróżujących i młodzieży studiującej. Przed kratkami naszego konfesjonału klękają ludzie młodzi i dojrzali, małżonkowie i osoby konsekrowane. Obdarzanie ludzi nadzieją miłosierdzia Bożego i zachęcanie do trwania przy Jezusie na modlitwie stało się przy Rakowickiej najwspanialszym ucieleśnieniem charyzmatu naszych świętych rodziców, św. Teresy od Jezusa i św. Jana od Krzyża.
W piątek 19 marca 2021 roku na mszę świętą ku czci św. Józefa przybył osobiście arcybiskup Marek Jędraszewski. Po znaku krzyża jego kanclerz odczytał dekret, w którym jasno jako pasterz diecezji wyraził pragnienie kościoła krakowskiego: „Aby wierni coraz liczniej odwiedzający to święte miejsce mogli znaleźć w ciszy adoracji, posłudze konfesjonału i w spotkaniu z oddaną życiu ewangelicznemu wspólnotą zakonną odpowiedź na swoje duchowe potrzeby”. Od tego dnia modlitwa w ciszy (pielęgnowana w karmelitańskich klasztorach), sakrament pokuty i pojednania oraz Słowo Boże wyznaczają rytm życia naszej wspólnoty, w której formujemy przyszłe pokolenia karmelitów bosych.
Na koniec uroczystości arcybiskup zawierzył św. Józefowi nie tylko miasto, ale i całą Ojczyznę słowami: „Święty Józefie, Patronie i Obrońco naszego miasta! Od wieków krakowianie przychodzą przed Twój obraz, prosząc za Twoim wstawiennictwem Dobrego Boga o zdrowie, pokój, pojednanie i obronę przed wszelkimi przejawami zła. Twoje proste i oddane życie jest zwierciadłem dla całego Kościoła. Twoje radykalne wybory w imię miłości do Boga, do twojej ukochanej małżonki, Najświętszej Maryi Panny i do Syna Bożego, Jezusa Chrystusa są wzorem chrześcijańskiego życia. Cichy Bohaterze Tajemnicy Wcielenia, powierzam Ci dzisiaj wszystkich mieszkańców Krakowa, dla których to miasto jest domem i osobistą historią; powierzam Ci wszystkich, którzy się tutaj uczą, szukają pracy, zakładają rodzinę, zapuszczają korzenie. Uproś dla nich u swojego przybranego Syna siłę do codziennego spełniania obowiązków wynikających z miłości do Boga i do człowieka. Zachowaj nie tylko mury tego wielowiekowego miasta, ale również serca, aby pozostały wolne od kłamstwa i lęku. Spraw, aby i nasze pokolenie twórczo rozwijało kulturę budowaną przez tak licznych świętych, którzy chodzili ulicami tego miasta. Pomóż swoim przykładem zachować godność i tożsamość ludzi wierzących. Bądź przykładem prawdziwego ojcostwa dla mężczyzn, podporą w macierzyństwie dla kobiet, nauczycielem wiary dla kapłanów i orędownikiem czystości dla osób konsekrowanych. Oddaję pod Twoją opiekę całą krakowską owczarnię: chroń ją, umacniaj, wstawiaj się za nią u Boga. Razem z Niepokalaną Bogurodzicą, z którą stworzyłeś prawdziwą rodzinę i bezpieczny dom dla Syna Bożego, otocz rodzicielską opieką nasze miasto i całą Ojczyznę. Amen”.